Dla celów ochrony oszczędności gromadzonych w SKOK-ach funkcjonuje Program Ochrony Oszczędności. Składa się na niego Fundusz Stabilizacyjny Kasy Krajowej oraz Zbiorowe Ubezpieczenie Depozytów TUW SKOK.
W ramach Programu, oszczędności członków SKOK są objęte w 100% ubezpieczeniem do wysokości 100 000 EURO. Zastosowanie tego ubezpieczenia oznacza, że oszczędności w kasach spółdzielczych zostały objęte ochroną równoważną do gwarancji depozytów.

Opisany powyżej Program Ochrony Oszczędności, realizowany jest przez dwie instytucje:

Kasę Krajową, która na mocy ustawy z dnia 14 grudnia 1995 r. o spółdzielczych kasach oszczędnościowo - kredytowych (Dz.U. z 1996 r. Nr 1, poz. 2) spełnia funkcje nadzorcze nad wszystkimi SKOK-ami w Polsce.

Towarzystwo Ubezpieczeń Wzajemnych SKOK, które - poczynając od maja 1998 roku - ubezpiecza oszczędności zgromadzone w SKOK-ach.

Kasa Krajowa utrzymuje także zasoby finansowe na potrzeby wzajemnego kredytowania dla SKOK-ów mających problemy z płynnością finansową. W sytuacji wyjątkowej, zagrożona utratą płynności kasa może zaciągnąć pożyczkę (kredyt) by sprostać popytowi na fundusze. Ta funkcja KSKOK pomaga SKOK-om zaspokoić potrzeby ich członków w zakresie pożyczek i wycofywania oszczędności.